La correspondance entre JFK et Ben Gourion, qui révèle l’intensité des efforts de JFK pour entraver le programme nucléaire israélien, fut gardée secrète. Certaines parties furent déclassifiées en 1993, mais l’ensemble de la correspondance a mis plus de 50 ans à être déclassifié. Du point de vue américain, il n’y a rien dans cette correspondance qui justifie de la garder secrète pendant si longtemps. Le véritable bénéficiaire de cette classification prolongée a été Israël, car si ce contexte avait été connu au moment de l’assassinat de JFK, non seulement il y aurait eu une énorme pression publique pour arrêter le programme nucléaire israélien, mais le Mossad serait devenu l’une des organisations suspectes impliquées dans l’assassinat.

Lorsque JFK fut assassiné, le vice-président Lyndon B. Johnson (LBJ), dont le passé criminel était connu au Texas, est devenu président. Avec l’entrée en fonction de LBJ, la nature des relations entre Israël et les États-Unis a subi un changement rapide et spectaculaire en faveur d’Israël. JFK avait une politique équilibrée au Moyen-Orient. Lorsque JFK écrivit aux dirigeants arabes comme Nasser pour exprimer son soutien à la mise en œuvre de la résolution de l’ONU accordant aux Palestiniens le droit de retourner dans les territoires qui avaient été capturés de force par les juifs, Ben Gourion envoya une lettre aux dirigeants juifs aux États-Unis. Il écrivait : « Israël considérera ce plan comme un danger plus grave pour son existence que toutes les menaces des dictateurs et des rois arabes, que toutes les armées arabes, que tous les missiles de Nasser et ses MIG soviétiques… Israël luttera contre cette mise en œuvre jusqu’au dernier homme ». C’était une déclaration de guerre contre JFK.

JFK fut assassiné le 22 novembre 1963. Le 26 novembre, le directeur de l’AIPAC (Comité américain des affaires publiques israéliennes) envoya une note secrète à ses différentes branches, décrivant les « positions pro-israéliennes de premier plan » de Johnson sur un certain nombre de questions. En décembre 1996, l’auteur Daniel Neff écrivait dans le Washington Report on Middle East Affairs (WMREA) : « Jusqu’à la présidence de Johnson, aucune administration n’avait été aussi complètement pro-israélienne et anti-arabe que la sienne ». Neff souligne que bien que Truman ait reconnu Israël en raison du soutien juif à son élection, il « semblait se désintéresser de l’État juif ». De plus, « Dwight D. Eisenhower était plutôt froid envers Israël, qu’il considérait comme une source de perturbation majeure dans les relations de l’Amérique avec les Arabes et dans l’accès de l’Amérique au pétrole ». Bien que JFK ait été plus chaleureux envers Israël, « il valorisait la relation des États-Unis avec le monde arabe, en particulier avec l’Égyptien Gamal Abdel Nasser, et a par conséquent maintenu une politique assez impartiale, malgré la présence d’un certain nombre de responsables pro-israéliens dans son administration. »

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